检方调查认为：大陆快艇在听闻要求停船广播后仍加速逃逸，法定的登检过程实际必有追逐碰撞，是“法所容许之风险”；
检视两船均仅有微小破损，证明不是故意碰撞，被告实施强制力未逾必要程度；此类情况登检也符合过往执法标准。
依雷达记录，撞船前6秒，快艇航速从39.2节降至35.5节（65.7㎞/h），海巡艇航向航速无变化、未有避撞应变动作，是“被告难以发现并及时因应之情况”。
快艇甲板的人孔和上舱口都不防水，倾斜时船舱容易进水加速翻覆，显然不具备适航性；生还船员供述，于姓船长今年1月才买下该艇，出海经验不到10次，之前没开过船。检方认为，其危险驾驶行为可能才是翻船主因。
事发过程无录影，无法证明撞船后快艇立即翻覆；生还船员供证中，也未有“翻船是因为碰撞”的见闻，故疑罪从无，不起诉二名被告。
海委会发稿欢迎决定说：遗体移交前，海巡署循民俗早晚馨香祭拜亡者从未中断；协调关心此事的企业家和热心人士捐赠了付给遇难者家属的慰问金；希望陆方尽快释放“大进满88”洪姓船长；就执法没录像向社会和家属再三致歉，将尽最大努力避免类似案件再发生，也希望陆方有效管理非法船舶。
国台办发言人16日晚表示不能接受。
（福建金门地方检察署，中央社，新华社）
